キリスト教のフランシスコ会の修道士が創設者の聖フランシスコを街の名に付けたのが地名の由来である。漢字では、桑港や旧金山と表記される。桑港は、「サンフランシスコ」を音訳した「桑方西斯哥」（現代中国語普通話ではSāngfāngxīsīgē（サンファンシースーグー）の発音になる）の頭文字「桑」（サン）に、港町である事を示す「港」を加えたものである。この漢字表記は、現地の日系社会でも使われるため、商店や日本語学校などの名称によく見られる。ジャパンタウン（日本人街）にある曹洞宗の寺院「日本山桑港寺（そうこうじ）」はその代表である。一方の旧金山（舊金山）は、1849年に起こったカリフォルニア・ゴールドラッシュにちなんだ名称である。当初この地に労働者としてきた華人たちはサンフランシスコを「金山」と呼んだが、後にオーストラリア・ビクトリア州など他の地域でもゴールドラッシュが起きるとサンフランシスコは旧金山と呼ばれるようになった（「新金山」はメルボルンを指す）。現地の中国系社会では桑港と同様に広東語で「サンファンシー」の音を当てた三藩市が旧金山よりも多用される傾向があり、市当局も中文での名称を三藩市としている[2]。 アメリカの他地域では頭文字の「SF」や「フリスコ（Frisco）」愛称・略称で呼ばれることが多い。または「サンフラン」（San-Fran）との略称で呼ばれることもある。日本では、特に（航空機での渡航の対象として）「シスコ」の略称で呼ばれることも多い。地元とベイエリア周辺では単純に愛情を込めて「the city」と呼ばれることが多い。 ロサンゼルスと共にカリフォルニア州の経済、工業の中心地として知られており、金融センターとしてアメリカ西海岸では随一の重要性を持っている。2017年の調査によると、世界6位の金融センターであり、アメリカの都市ではニューヨークに次ぐ2位である[3]。