サンフランシスコは、アメリカ西海岸、サンフランシスコ半島の先端に位置し、半島の周囲をめぐる太平洋とサンフランシスコ湾の広い海域も市の領域に含まれる。 アルカトラズ島、トレジャー島、イェルバ・ブエナ島（英語版）、アラメダ島の一部、レッドロック島、エンジェル島といった島々も市に属する。また、太平洋の43km沖合にある無人島のファラロン諸島も、同様に市に属する。本土部分はおおまかに7マイル（11.3キロメートル）四方の正方形をなしているとよく表現される。ただし、水域を含む総面積は232mi2 (600km2) である。サンフランシスコは、丘が多いことで有名である。市内には50以上の丘がある[35]。ノブ・ヒル（英語版）、パシフィック・ハイツ（英語版）、ロシアン・ヒル（英語版）など、丘の名前からとられた町名もある。市の地理的中央部（ダウンタウンから見て南東方面）には、高い丘が連なっており、この辺りは人口密度が低い。ツインピークスは、市の中でも高い場所に二つ並ぶ丘であり、展望場所として人気がある。標高が最も高い丘はマウント・デビッドソン（英語版）で、282メートル（925フィート）であるが、1934年、頂上に高さ31メートル（103フィート）の十字架が建てられた[36]。この付近には、赤と白に塗られたラジオ・テレビ電波塔のスートロ・タワーがそびえ立っている。 サンアンドレアス断層とヘイワード断層（英語版）という二つの断層が、市域の近くを走っており、これが、多くの地震を引き起こすこととなっている。1906年と1989年の大地震を引き起こしたのは、いずれもサンアンドレアス断層のずれが原因であった。小規模の地震は、日常的に起こっている。大地震の脅威にどう対処するかが、市のインフラ整備の上でも重要な要素となっている。市はこれまで度々建物の耐震基準を引き上げており、古い建物については補強工事を、新規の建設については高い耐震技術水準を求めている[37]。しかし、今でも耐震性の弱い中小の建物が何千棟も残っている[38]。

アメリカにおける2013年の主要犯罪（殺人，強姦，強盗，傷害，住居侵入，侵入盗及び非侵入盗。以下同じ。）の認知総件数は，FBI（米連邦捜査局）の統計によると約979万件（放火を除く）であり，そのうち殺人，強姦，強盗，暴行及び傷害等の凶悪・暴力犯罪は，前年より4.4％減少し，約116万件となっています。比較として，2013年の日本の刑法犯認知総件数は，警察庁の警察白書によれば約132万件であり，そのうち凶悪・暴力犯罪は約7.3万件であり,アメリカの総人口が約3億1,509万人であるのに対し，日本の総人口は約1億2,730万人（2013年現在）と半分以下であることを考慮しても，アメリカにおける犯罪は日本と比べ格段に多いことがわかります。 　　アメリカでは自分の身は自分で守るのが常識であることを認識し，常に十分な注意を怠らないことが肝要です。